GRETNA(A Graph Theoretical Network Analysis) toolbox

 

내가 까먹을까봐 기록해놓는 사용법

 

 

GRETNA는 본디 fMRI 데이터의 그래프 이론 분석을 위해 만들어진 매트랩 기반 툴박스이다.

NIRS-KIT 툴박스와 연동하여 fNIRS 데이터도 분석 가능

 

 

예제 파일(.csv) 생성

네트워크 매트릭스 분석을 위해 계속 사용할 쉬운 예제를 하나 만들어주었다. 

 

데이터 저장 경로

 

 

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NIRS-KIT_Data Preparation

 

 

functional connectivity분석이기 때문에 Resting-state을 선택

 

 

엑셀 형태의 데이터를 NIRS-KIT에서 분석 가능한 데이터로 변환 시켜주기 위함

 

Type 8 : manual input(HB)

total number of ch.  : 3 

sampling freq. : 10

 

*참고

Hitachi, NIRX는 대표적인 NIRS 신호 측정 기계

해당 옵션 선택시 채널 수, 샘플링 레이트 등을 따로 설정해주지 않아도 기본 설정값이 자동으로 넘어간다. 

 

*Run 결과 - outpath 유의

 

실행을 완료하면 csv 데이터와 동일한 이름의 matlab data가 생성된다. 

 

NIRS-KIT_FC Matrix 

 

 

FC Matrix를 생성은 NIRS-KIT로 가능하지만 GRETNA 로도 가능

Individual-level analysis - network metrics 선택

 

 

 

input, output path 유의

이 툴박스 단점.. data path를 설정할 때 폴더 선택이라서 데이터 확인이 불편함

 

fisher z-score는 해제해줌

 

 

여기까지 완료하면 FC_Matrix 폴더가 생성됨(oxy, deoxy 2개의 폴더)

 

 

GRETNA_network metrics

 

global efficiency, nodal betweeness centralitry 등 다양한 메트릭스 지표들을 추정할 수 있다. 

다음 편에 계속..